กล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์เป็นเครื่องมือพื้นฐานของอิมมูโนฟลูออเรสเซนต์ไซโตเคมี มันประกอบด้วยแหล่งกำเนิดแสงระบบแผ่นกรองระบบออปติคัลและส่วนประกอบสำคัญอื่น ๆ สังเกตด้วยกล้องจุลทรรศน์ออปติคัลธรรมดา ตัวอย่างสไลด์มักจะย้อมด้วย hematoxylin eosin บางครั้งมีการย้อมสีพิเศษ
ก่อนอื่นกล้องจุลทรรศน์ออปติคัลควรรักษาสถานะตามธรรมชาติของวัสดุทางชีวภาพเท่าที่จะทำได้เพื่อหลีกเลี่ยงสิ่งประดิษฐ์การเสียรูปและการบิดเบือนดังนั้นวัสดุชีวภาพจะต้องได้รับการแก้ไข ฟิล์มจะต้องบางและโปร่งใสก่อนที่จะสามารถถ่ายภาพได้ภายใต้กล้องจุลทรรศน์แบบออพติคอล นอกเหนือจากการตัดวัสดุเป็นชิ้นบาง ๆ หรือกระจายออกโดยการกดแสงหรือวิธีการอื่น ๆ ต้องใช้วิธีอื่น ๆ เพื่อให้โปร่งใสและย้อมสีเพื่อให้สังเกตรายละเอียดของโครงสร้างได้ดีขึ้น
ในความเป็นจริงวัสดุทางชีวภาพทั้งหมดสามารถรับตัวอย่างที่ตรงตามข้อกำหนดในความหนาและความโปร่งใสผ่านการฝังพาราฟิน, การหั่น (หรือการเปื้อน), การยึดเกาะ, การสลายตัวของขี้ผึ้ง, ความโปร่งใสและกระบวนการอื่น ๆ
ชิ้นชีวภาพมักจะวางบนสไลด์แก้วที่มีขนาดมาตรฐาน 26x76mm และความหนา 1.1 ^ - 1.3 มม. ทั้งสองด้านของสไลด์แก้วควรเป็นระนาบขนาน ข้อกำหนดสำหรับความหนาของสไลด์แก้วนั้นไม่เข้มงวดมากนัก แต่เมื่อความหนาเกินกว่าระยะการทำงานฟรีของนักสะสมบางคนที่มีระดับการแก้ไขที่สูงขึ้นความหนาของสไลด์แก้วกลายเป็นสิ่งสำคัญสำหรับการโฟกัสแหล่งกำเนิดแสงและสร้างภาพของภาพ ฟิลด์หยุดบนระนาบวัตถุ ในกรณีนี้สไลด์แก้วที่มีความหนา 0.9 ^ - 1.0 มม. เหมาะสม