กล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์เป็นแหล่งกำเนิดแสงจุดที่มีประสิทธิภาพสูงซึ่งปล่อยแสงของความยาวคลื่นบางอย่าง (เช่นแสงอัลตราไวโอเลต 3650 หรือแสงสีน้ำเงินสีม่วง 4200) เป็นแสงกระตุ้นผ่านระบบสีตัวกรอง หลังจากการกระตุ้นสารฟลูออเรสเซนต์ในชิ้นงานจะปล่อยฟลูออเรสเซนต์ของสีที่แตกต่างกันจากนั้นสังเกตผ่านการขยายของเลนส์วัตถุประสงค์และช่องมองภาพ ด้วยวิธีนี้ภายใต้พื้นหลังที่มีความคมชัดแม้กระทั่งการเรืองแสงก็อ่อนแอมากมันเป็นเรื่องง่ายที่จะรับรู้และความไวสูง ส่วนใหญ่ใช้สำหรับการศึกษาโครงสร้างเซลล์และหน้าที่และองค์ประกอบทางเคมี
แหล่งกำเนิดแสงของกล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์ไม่ได้ทำหน้าที่เป็นแสงสว่างโดยตรง แต่เป็นแหล่งพลังงานสำหรับการกระตุ้นวัสดุฟลูออเรสเซนต์ภายในชิ้นงาน เหตุผลที่เราสามารถสังเกตตัวอย่างไม่ใช่การส่องสว่างของแหล่งกำเนิดแสง แต่ปรากฏการณ์เรืองแสงที่นำเสนอโดยสารเรืองแสงในชิ้นงานหลังจากการดูดซึมของพลังงานแสงตื่นเต้น จะเห็นได้ว่าลักษณะหลักของกล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์คือแหล่งกำเนิดแสงสามารถให้แสงกระตุ้นจำนวนมากในช่วงความยาวคลื่นเฉพาะเพื่อให้สารเรืองแสงในชิ้นงานสามารถรับความเข้มที่จำเป็นของแสงกระตุ้นที่จำเป็น ในเวลาเดียวกันกล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์จะต้องมีระบบตัวกรองที่สอดคล้องกัน
กล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนซ์เป็นเครื่องมือพิเศษสำหรับการตรวจจับด้วยกล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์มันเป็นกล้องจุลทรรศน์แสงชนิดหนึ่ง นอกเหนือจากโครงสร้างพื้นฐานและการขยายแสงของกล้องจุลทรรศน์ออปติคัลแล้วยังมีข้อกำหนดการทำงานที่ไม่ซ้ำกันตามลักษณะของการเรืองแสง:
(1) แหล่งกำเนิดแสงที่ให้พลังงานเพียงพอที่จะกระตุ้นการเรืองแสง
(2) ด้วยชุดของตัวกรองสีเพื่อปรับให้เข้ากับสเปกตรัมการกระตุ้นที่ต้องการโดยสารต่าง ๆ สเปกตรัมการกระตุ้นที่เหมาะสมจะถูกเลือกจากแหล่งกำเนิดแสงเพื่อให้สเปกตรัมตกตะกอนเกิดขึ้นพร้อมกับสเปกตรัมการดูดซับของสารเพื่อให้ได้มา การเรืองแสงสูงสุด
( 3) ) เพื่อให้ได้ภาพฟลูออเรสเซนต์ที่อ่อนแอชุดของตัวกรองสีตัดออกควรได้รับการจัดตั้งขึ้นซึ่งทำให้การเรืองแสงที่สังเกตได้จำเป็นต้องเข้าสู่ระบบสำหรับการถ่ายภาพและส่วนที่เหลือของคลื่นแสงรวมถึงที่ปล่อยออกมา แสงถูกปิดกั้นเพื่อปรับปรุงซับภาพ
( 4 ) ระบบออปติคัลที่ขยายควรปรับให้เข้ากับลักษณะของการเรืองแสงและในที่สุดก็จะได้รับภาพเรืองแสงที่ดีด้วยความสว่างสูงและความละเอียดสูงที่สามารถสังเกตและถ่ายภาพได้
(5) ความปลอดภัยของเครื่องมือ การประยุกต์ใช้หลอดปรอทเป็นสิ่งจำเป็นเพื่อป้องกันการรั่วไหลของแสงอัลตราไวโอเลตและการระเบิดของหลอดปรอทเพื่อให้แน่ใจว่าความปลอดภัยของเครื่องใช้ไฟฟ้า