Kính hiển vi điện tử có ba phần, cụ thể là thùng ống kính, thiết bị chân không và tủ điện. Kính hiển vi quang học chủ yếu bao gồm bốn phần, cụ thể là ống kính khách quan, thị kính, phản xạ và bình ngưng.
2. Nguyên tắc hình ảnh là khác nhau.
Một kính hiển vi điện tử sử dụng chùm electron để thâm nhập vào mẫu, và sau đó phóng to hình ảnh bằng một ống kính. Kính hiển vi quang học chủ yếu sử dụng nguyên lý hình ảnh phóng đại của ống kính lồi để phóng đại mẫu.
3. Nguồn chiếu sáng là khác nhau.
Nguồn chiếu sáng được sử dụng bởi kính hiển vi điện tử là dòng điện tử phát ra từ súng electron; Nguồn chiếu sáng của kính hiển vi quang học có thể nhìn thấy ánh sáng (ánh sáng mặt trời hoặc ánh sáng). Do bước sóng của dòng điện tử ngắn hơn nhiều so với bước sóng của sóng ánh sáng, độ phóng đại và độ phân giải của kính hiển vi điện tử cao hơn đáng kể so với kính hiển vi ánh sáng.
4. Các ống kính là khác nhau.
Ống kính khách quan để phóng đại trong kính hiển vi điện tử là ống kính điện từ (cuộn điện từ hình vòng có thể tạo ra từ trường ở phần trung tâm); Ống kính khách quan của kính hiển vi quang học là một ống kính quang học làm bằng kính. Có ba nhóm ống kính điện từ trong kính hiển vi điện tử, tương đương với ống kính ngưng tụ, ống kính khách quan và ống kính thị kính trong ống kính quang học.
5. Công dụng khác nhau
Do độ phân giải cao của nó, kính hiển vi điện tử có thể được sử dụng để quan sát cấu trúc vật liệu tốt không thể được phân biệt bằng kính hiển vi thông thường và cũng có thể được sử dụng để giúp phân tích thành phần vật liệu. Kính hiển vi quang học chủ yếu được sử dụng để quan sát các vật liệu kính hiển vi trong sinh học và y học, và là một công cụ thử nghiệm cho sinh viên trong giảng dạy. 
