Электронный микроскоп имеет три части, а именно: ствол для линз, вакуумное устройство и силовой шкаф. Оптический микроскоп в основном состоит из четырех частей, а именно, объективной линзы, окуляра, отражателя и конденсатора.
2. Принцип визуализации отличается.
Электронный микроскоп использует электронный луч для проникновения в образец, а затем увеличивает изображение объективом. Оптический микроскоп в основном использует принцип увеличения визуализации выпуклой линзы для увеличения образца.
3. Источник освещения отличается.
Источником освещения, используемом электронным микроскопом, является электронный поток, излучаемый электронным пистолетом; Источником освещения оптического микроскопа является видимый свет (солнечный свет или свет). Поскольку длина волны электронного потока намного короче длины волны световой волны, увеличение и разрешение электронного микроскопа значительно выше, чем у светового микроскопа.
4. Линзы разные.
Объективная линза для увеличения в электронном микроскопе представляет собой электромагнитную линзу (электромагнитная катушка в форме кольца, которая может генерировать магнитное поле в центральной части); Объективная линза оптического микроскопа представляет собой оптическую линзу из стекла. В электронном микроскопе есть три группы электромагнитных линз, которые эквивалентны объективе конденсатора, объективной линзы и объектива окуляра в оптической линзе.
5. Разное использование
Из -за своего высокого разрешения электронный микроскоп может быть использован для наблюдения за тонкой структурой материала, которую нельзя различать обычным микроскопом, а также можно использовать для анализа состава материала. Оптический микроскоп в основном используется для наблюдения за микроскопическими материалами в биологии и медицине, а также в качестве экспериментального инструмента для учащихся в обучении. 
