Mikroskop elektronowy ma trzy części, a mianowicie lufę soczewki, urządzenie próżniowe i szafkę zasilającą. Mikroskop optyczny składa się głównie z czterech części, a mianowicie obiektywu obiektywnego, okularu, reflektora i skraplacza.
2. Zasada obrazowania jest inna.
Mikroskop elektronowy wykorzystuje wiązkę elektronową do penetracji próbki, a następnie powiększa obraz przez soczewkę. Mikroskop optyczny wykorzystuje głównie powiększającą zasadę obrazowania wypukłego soczewki do powiększenia próbki.
3. Źródło oświetlenia jest inne.
Źródło oświetlenia stosowane przez mikroskop elektronowy to przepływ elektronów emitowany przez pistolet elektronowy; Źródłem oświetlenia mikroskopu optycznego jest światło widzialne (światło słoneczne lub światło). Ponieważ długość fali przepływu elektronów jest znacznie krótsza niż długość fali fali światła, powiększenie i rozdzielczość mikroskopu elektronowego są znacznie wyższe niż w mikroskopie świetlnym.
4. Soczewki są różne.
Obiektywną soczewką do powiększenia w mikroskopie elektronowym jest soczewka elektromagnetyczna (cewka elektromagnetyczna w kształcie pierścienia, która może generować pole magnetyczne w środkowej części); Obiektywną soczewką mikroskopu optycznego jest soczewka optyczna wykonana ze szkła. Istnieją trzy grupy soczewek elektromagnetycznych w mikroskopie elektronowym, które są równoważne z soczewką skraplacza, obiektywu obiektywnego i obiektywu okularów w soczewce optycznej.
5. różne zastosowania
Ze względu na wysoką rozdzielczość mikroskop elektronowy można zastosować do obserwowania drobnej struktury materiału, którego nie można rozróżnić zwykłym mikroskopem, a także można go wykorzystać do analizy składu materiału. Mikroskop optyczny służy głównie do obserwacji materiałów mikroskopowych w biologii i medycynie oraz jako narzędzie eksperymentalne dla studentów w nauczaniu. 
