De elektronenmicroscoop bestaat uit drie delen, namelijk het lensvat, het vacuümapparaat en de voedingskast. De optische microscoop bestaat voornamelijk uit vier delen, namelijk objectieve lens, oculair, reflector en condensor.
2. Het beeldvormingsprincipe is anders.
Een elektronenmicroscoop gebruikt een elektronenstraal om een monster door te dringen en vergroot het beeld vervolgens met een lens. De optische microscoop maakt voornamelijk gebruik van het vergrotende beeldvormingsprincipe van convexe lens om het monster te vergroten.
3. De verlichtingsbron is anders.
De verlichtingsbron die door de elektronenmicroscoop wordt gebruikt, is de elektronenstroom die wordt uitgestoten door het elektronenpistool; De verlichtingsbron van de optische microscoop is zichtbaar licht (zonlicht of licht). Omdat de golflengte van de elektronenstroom veel korter is dan de golflengte van de lichtgolf, zijn de vergroting en resolutie van de elektronenmicroscoop aanzienlijk hoger dan die van de lichtmicroscoop.
4. De lenzen zijn anders.
De objectieve lens voor het vergroten in de elektronenmicroscoop is een elektromagnetische lens (een ringvormige elektromagnetische spoel die een magnetisch veld bij het centrale deel kan genereren); De objectieve lens van een optische microscoop is een optische lens gemaakt van glas. Er zijn drie groepen elektromagnetische lenzen in de elektronenmicroscoop, die equivalent zijn aan de condensorlens, objectieve lens en oculair lens in de optische lens.
5. Verschillende toepassingen
Vanwege de hoge resolutie kan de elektronenmicroscoop worden gebruikt om de fijne materiaalstructuur te observeren die niet kan worden onderscheiden door de gewone microscoop en ook kan worden gebruikt om de materiaalsamenstelling te analyseren. De optische microscoop wordt voornamelijk gebruikt voor de observatie van microscopische materialen in biologie en geneeskunde, en als een experimenteel hulpmiddel voor studenten in het onderwijs. 
