Mikroskop elektron mempunyai tiga bahagian, iaitu, laras lensa, peranti vakum dan kabinet kuasa. Mikroskop optik terutamanya terdiri daripada empat bahagian, iaitu, kanta objektif, kanta mata, reflektor dan kondensor.
2. Prinsip pengimejan adalah berbeza.
Mikroskop elektron menggunakan rasuk elektron untuk menembusi sampel, dan kemudian membesarkan imej dengan lensa. Mikroskop optik terutamanya menggunakan prinsip pencitraan pembesar kanta cembung untuk membesarkan sampel.
3. Sumber pencahayaan adalah berbeza.
Sumber pencahayaan yang digunakan oleh mikroskop elektron adalah aliran elektron yang dipancarkan oleh pistol elektron; Sumber pencahayaan mikroskop optik kelihatan cahaya (cahaya matahari atau cahaya). Oleh kerana panjang gelombang aliran elektron jauh lebih pendek daripada panjang gelombang gelombang cahaya, pembesaran dan resolusi mikroskop elektron jauh lebih tinggi daripada mikroskop cahaya.
4. Kanta adalah berbeza.
Kanta objektif untuk pembesar dalam mikroskop elektron adalah lensa elektromagnet (gegelung elektromagnet berbentuk cincin yang boleh menghasilkan medan magnet di bahagian tengah); Lensa objektif mikroskop optik adalah lensa optik yang diperbuat daripada kaca. Terdapat tiga kumpulan kanta elektromagnet dalam mikroskop elektron, yang bersamaan dengan kanta kondensor, kanta objektif dan kanta mata dalam lensa optik.
5. Kegunaan yang berbeza
Kerana resolusi tinggi, mikroskop elektron boleh digunakan untuk memerhatikan struktur bahan halus yang tidak dapat dibezakan oleh mikroskop biasa, dan juga boleh digunakan untuk membantu menganalisis komposisi bahan. Mikroskop optik terutamanya digunakan untuk pemerhatian bahan mikroskopik dalam biologi dan perubatan, dan sebagai alat eksperimen untuk pelajar dalam pengajaran. 
