इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप में तीन भाग हैं, अर्थात्, लेंस बैरल, वैक्यूम डिवाइस और पावर कैबिनेट। ऑप्टिकल माइक्रोस्कोप मुख्य रूप से चार भागों से बना है, अर्थात्, उद्देश्य लेंस, ऐपिस, रिफ्लेक्टर और कंडेनसर।
2. इमेजिंग सिद्धांत अलग है।
एक इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप एक नमूने में प्रवेश करने के लिए एक इलेक्ट्रॉन बीम का उपयोग करता है, और फिर एक लेंस द्वारा छवि को बढ़ाता है। ऑप्टिकल माइक्रोस्कोप मुख्य रूप से नमूने को बढ़ाने के लिए उत्तल लेंस के आवर्धक इमेजिंग सिद्धांत का उपयोग करता है।
3. रोशनी स्रोत अलग है।
इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप द्वारा उपयोग किया जाने वाला रोशनी स्रोत इलेक्ट्रॉन बंदूक द्वारा उत्सर्जित इलेक्ट्रॉन प्रवाह है; ऑप्टिकल माइक्रोस्कोप का रोशनी स्रोत दिखाई देने वाला प्रकाश (सूर्य के प्रकाश या प्रकाश) है। चूंकि इलेक्ट्रॉन प्रवाह की तरंग दैर्ध्य प्रकाश तरंग की तरंग दैर्ध्य की तुलना में बहुत कम है, इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप का आवर्धन और संकल्प प्रकाश माइक्रोस्कोप की तुलना में काफी अधिक है।
4. लेंस अलग हैं।
इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप में आवर्धक के लिए उद्देश्य लेंस एक विद्युत चुम्बकीय लेंस (एक अंगूठी के आकार का विद्युत चुम्बकीय कॉइल है जो केंद्रीय भाग में एक चुंबकीय क्षेत्र उत्पन्न कर सकता है); एक ऑप्टिकल माइक्रोस्कोप का उद्देश्य लेंस कांच से बना एक ऑप्टिकल लेंस है। इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप में इलेक्ट्रोमैग्नेटिक लेंस के तीन समूह हैं, जो ऑप्टिकल लेंस में कंडेनसर लेंस, ऑब्जेक्टिव लेंस और ऐपिस लेंस के बराबर हैं।
5. अलग -अलग उपयोग
इसके उच्च रिज़ॉल्यूशन के कारण, इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप का उपयोग ठीक सामग्री संरचना का निरीक्षण करने के लिए किया जा सकता है जिसे साधारण माइक्रोस्कोप द्वारा प्रतिष्ठित नहीं किया जा सकता है, और इसका उपयोग सामग्री संरचना का विश्लेषण करने में मदद करने के लिए भी किया जा सकता है। ऑप्टिकल माइक्रोस्कोप का उपयोग मुख्य रूप से जीव विज्ञान और चिकित्सा में सूक्ष्म पदार्थों के अवलोकन के लिए किया जाता है, और शिक्षण में छात्रों के लिए एक प्रयोगात्मक उपकरण के रूप में। 
