Το ηλεκτρονικό μικροσκόπιο διαθέτει τρία μέρη, δηλαδή το βαρέλι φακού, τη συσκευή κενού και το ντουλάπι ισχύος. Το οπτικό μικροσκόπιο αποτελείται κυρίως από τέσσερα μέρη, δηλαδή τον αντικειμενικό φακό, τον προσοφθάλμιο, τον ανακλαστήρα και τον συμπυκνωτή.
2. Η αρχή απεικόνισης είναι διαφορετική.
Ένα ηλεκτρονικό μικροσκόπιο χρησιμοποιεί μια δέσμη ηλεκτρονίων για να διεισδύσει σε ένα δείγμα και στη συνέχεια να μεγεθύνει την εικόνα με φακό. Το οπτικό μικροσκόπιο χρησιμοποιεί κυρίως την αρχή μεγέθυνσης απεικόνισης του κυρτού φακού για να μεγεθύνει το δείγμα.
3. Η πηγή φωτισμού είναι διαφορετική.
Η πηγή φωτισμού που χρησιμοποιείται από το ηλεκτρονικό μικροσκόπιο είναι η ροή ηλεκτρονίων που εκπέμπεται από το όπλο ηλεκτρονίων. Η πηγή φωτισμού του οπτικού μικροσκοπίου είναι ορατό φως (ηλιακό φως ή φως). Δεδομένου ότι το μήκος κύματος της ροής ηλεκτρονίων είναι πολύ μικρότερο από το μήκος κύματος του φωτός, η μεγέθυνση και η ανάλυση του ηλεκτρονικού μικροσκοπίου είναι σημαντικά υψηλότερο από αυτό του μικροσκοπίου φωτός.
4. Οι φακοί είναι διαφορετικοί.
Ο αντικειμενικός φακός για μεγέθυνση στο ηλεκτρονικό μικροσκόπιο είναι ένας ηλεκτρομαγνητικός φακός (ένα ηλεκτρομαγνητικό πηνίο σε σχήμα δακτυλίου που μπορεί να δημιουργήσει ένα μαγνητικό πεδίο στο κεντρικό τμήμα). Ο αντικειμενικός φακός ενός οπτικού μικροσκοπίου είναι ένας οπτικός φακός από γυαλί. Υπάρχουν τρεις ομάδες ηλεκτρομαγνητικών φακών στο ηλεκτρονικό μικροσκόπιο, οι οποίες είναι ισοδύναμες με τον φακό συμπυκνωτή, τον αντικειμενικό φακό και τον φακό προσοφθάλματος στον οπτικό φακό.
5. Διαφορετικές χρήσεις
Λόγω της υψηλής ανάλυσης του, το ηλεκτρονικό μικροσκόπιο μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να παρατηρήσει τη δομή του λεπτού υλικού που δεν μπορεί να διακριθεί από το συνηθισμένο μικροσκόπιο και μπορεί επίσης να χρησιμοποιηθεί για να βοηθήσει στην ανάλυση της σύνθεσης υλικού. Το οπτικό μικροσκόπιο χρησιμοποιείται κυρίως για την παρατήρηση μικροσκοπικών υλικών στη βιολογία και την ιατρική και ως πειραματικό εργαλείο για τους μαθητές στη διδασκαλία. 